小部分产品生产报废，某某扣除员工二千多工资

公司扣除员工工资需视报废原因而定。依据《工资支付暂行规定》，若报废非员工责任，公司不得扣除；若是员工故意或重大过失，扣除金额不应超过月工资的20%。不及时处理可能导致劳动争议或法律纠纷。
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处理此问题应明确责任后决定。若非员工责任，公司不应扣除工资；若是员工责任，则需协商赔偿，并确保扣除金额合法。选择处理方式时，应优先考虑法律规定和员工权益。
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视情况而定。若报废非员工责任，公司不扣工资；若是员工过失，操作如下：1.与员工沟通，明确责任；2.协商赔偿金额，确保不超月工资20%；3.签订赔偿协议，记录扣除明细；4.按时支付剩余工资，避免纠纷。